ArcGIS Server позволяет организовать сервисы по папкам. Можно создать папки на основании географических регионов, уровней безопасности, формата обмена сообщениями веб-сервисов и других критериев. Например, можно создать папку Redlands и поместить в нее все сервисы, связанные с городом Редлендс, или можно создать папку для особо секретных сервисов и установить для нее ограниченные права доступа.
Все папки находятся в корневой папке Site. В Менеджере можно увидеть корневую папку, содержащую все другие папки. Сервисы могут также находиться на уровне корневой папки. В ArcCatalog или окне Каталог (Catalog) в ArcGIS Desktop корневая папка содержит все сервисы и папки, показанные непосредственно под именем ГИС-сервера. Форматы обмена сообщениями веб-сервиса (другими словами, SOAP и двоичный формат) установлены на уровне корневой папки. Следовательно, изменение этого свойства влияет на все другие папки, которые находятся в корневой.
В отличие от файловой системы компьютера ArcGIS Server разрешает только один уровень папок, поэтому, папки нельзя вкладывать в другие папки. Если существует только несколько сервисов, их можно поместить в корневую папку сервера, не создавая дополнительных папок. Если папка содержит сервисы, их невозможно переименовать.
Параметры безопасности веб-сервиса можно установить на уровне папки. В разделе Принципы безопасности сервера ArcGIS Server приведена информация об ограничении доступа к папкам на основании пользователей и ролей.