ArcGIS for Server 允许您在文件夹中组织服务。您可以基于地理区域、安全级别、Web 服务消息格式或其他条件创建文件夹。例如，您可以创建一个 Redlands 文件夹，将与 Redlands 市相关的所有服务都放入其中；或者，也可以为高安全级别的服务创建一个文件夹，并为其配置限制性较高的访问参数。
所有文件夹都保存在站点（根）文件夹中。在 ArcGIS Server 管理器中，您会看到根文件夹中包含了所有其他文件夹。各类服务也可直接位于根文件夹级别。在 ArcCatalog 或 ArcGIS for Desktop 的目录 窗口中，根文件夹中包含 GIS 服务器名称下直接可见的所有服务和文件夹。Web 服务消息格式（即 SOAP 和 二进制）设置在根文件夹级别。因此，更改其属性会影响根文件夹中的所有其他文件夹。
与计算机文件系统不同，ArcGIS for Server 中的文件夹只允许存在一级，因此不能在文件夹中嵌套文件夹。如果您仅拥有几个服务，则可以将这些服务直接存放在服务器的根文件夹中，而不必额外创建文件夹。如果文件夹中包含了服务，则无法对其重命名。
可在任意文件夹级别设置 Web 服务安全性。要了解有关根据用户和角色限制文件夹访问的详细信息，请参阅如何使用 ArcGIS Server 安全性。